Como todo medicamento, pantoprazol pode causar eventos adversos, embora nem todos os pacientes (somente cerca de 5%) os apresentem. Os efeitos mais comuns são diarreia e dor de cabeça (cefaleia), que ocorrem em menos de 1% dos pacientes.

Reações incomuns (ocorrem entre 0,1% e 1% dos pacientes que utilizam este medicamento)

- Distúrbios do sono;
- Dor de cabeça;
- Boca seca;
- Diarreia;
- Náusea/vômito;
- Inchaço;
- Distensão abdominal;
- Dor e desconforto abdominal;
- Prisão de ventre;
- Aumento nos níveis de enzimas do fígado (transaminases, γ-GT);
- Vertigem;
- Reações alérgicas como coceira;
- Reações de pele (exantema, rash e erupções);
- Faqueza;
- Cansaço;
- Mal estar.

Reações raras (ocorrem entre 0,01% e 0,1% dos pacientes que utilizam este medicamento)

- Alterações nas células do sangue (agranulocitose);
- Hipersensibilidade (incluindo reações e choque anafilático);
- Aumento nos níveis de triglicerídios e colesterol;
- Alterações de peso;
- Depressão (e agravamento);
- Distúrbios de paladar;
- Distúrbios visuais (visão turva);
- Aumento nos níveis de bilirrubina;
- Urticária, inchaço na pele ou mucosas;
- Dor nas articulações;
- Dor muscular;
- Crescimento de mamas em homens;
- Elevação da temperatura corporal;
- Inchaço periférico.

Reações muito raras (ocorrem em menos de 0,01% dos pacientes que utilizam este medicamento)

- Alterações nas células do sangue (leucopenia, trombocitopenia, pancitopenia);
- Desorientação (e agravamento).

Reações de frequência desconhecida

- Hiponatremia;
- Hipomagnesinemia;
- Alucinação;
- C