O clonazepam é contraindicado a pacientes com hipersensibilidade conhecida a clonazepam ou a qualquer dos excipientes do medicamento e a pacientes com insuficiência respiratória grave ou comprometimento hepático grave, pois os benzodiazepínicos podem levar à ocorrência de encefalopatia hepática.
O clonazepam gotas é contraindicado para o tratamento de transtornos do pânico em pacientes com histórico médico de apneia do sono.
O clonazepam é contraindicado a pacientes com glaucoma agudo de ângulo fechado. O clonazepam pode ser usado por pacientes com glaucoma de ângulo aberto, desde que estejam recebendo terapia apropriada. 

Adulto e pediátrico
Distúrbio epiléptico
O clonazepam é indicado para tratar crises epilépticas e espasmos infantis (Síndrome de West).

Adulto
Transtornos de ansiedade
- Como ansiolítico em geral.
- Distúrbio do pânico com ou sem medo de espaços abertos. .
- Fobia social (medo de situações como falar em público)

Transtornos do humor
- Transtorno afetivo bipolar (fases de depressão e mania): tratamento da mania.
- Depressão maior: associados a antidepressivos na depressão ansiosa e início do tratamento.

Síndromes psicóticas
- Acatisia (inquietação extrema, geralmente provocada por medicamentos psiquiátricos).

Síndrome das pernas inquietas (desconforto ou dor nas pernas que leva à necessidade de movimentá-las, prejudicando o sono).

Vertigem e distúrbios do equilíbrio: náuseas, vômitos, desmaios, quedas, zumbidos e distúrbios auditivos.

Síndrome da boca ardente (sensação de queimação na parte interna da boca, sem alterações físicas).